Undersökning av bottenfauna i Storvänern syftar till att kvalitativt och kvantitativt beskriva status samt eventuella förändringar i bottenfaunasamhällets sammansättning i sjöns djupaste delar.
Undersökningar av bottendjur i Vänern sker vid två stationer: Tärnan och Megrundet. Bottenfaunaprov tas en gång per år i mitten av augusti. Undersökningar av sjöns bottendjur sker samtidigt med provtagningen av vattenkemi.
Populationstätheten och biomassan av bottendjur på sjöns djupbottnar har de senaste tre åren varit på låga nivåer. De dominerande arterna är vitmärlan (Monoporeia affinis) och de mindre glattmaskarna. Orsaken till de senaste årens låga tätheter och biomassor är oklar. Det är osäkert om det rör sig om ett trendbrott, om det är orsakat av någon form av miljöförändring eller endast ett resultat av den stora variation som kan ha någon naturlig förklaring.
Tänkbara orsaker till en drastisk minskning av bottenfaunasamhället kan vara antingen en provtagningsartefekt, ogynnsam miljö i bottenvattnet eller brist på föda.